開始使用之前

• 在開始使用前的有效期限內（預售的乘車券包含有效期限的開始日前）的車票（定期券、回數券、特惠車票除外），僅限一次可以免費變更為同種類的車票。此時，費用則多退少補。
• 變更第2次時，在車站或主要旅行社退款後，再重新購買需要的車票。
• 指定券（除未指定座位券外）僅限於使用列車之乘車車站發車時刻前，方可變更。發車後即變成無效票，故請特別注意。
• 指定券的變更請向車站窗口等，於發售指定券的時間內提出申請。
• 自由座席特急券、特定特急券、急行券、自由座席綠色車廂券，除可以變更為相同種類的車票外，還可以變更為指定券。
• 使用信用卡購買的車票，由於依照購買公司的不同，處理亦不同，請直接洽詢承辦人員。

開始使用後

• 若擬變更已經開始使用後的車票，請支付不足部分的車資及費用，但有剩餘時，則歉難退款。不過，有關普通乘車券，如果未使用的區間在每張券單程101公里以上時，則可以退款。並且，持以特定都區市內或東京山手線內為到達車站之乘車券過站時，則須支付過站車站之方向所在區域的出口車站起算的過站區間之車資。
• 如果以乘車券坐過站時，須支付坐過站區間的車資。並且，若變更目的地的方向或到目的地為止的路徑時，將比較變更的區間與未搭乘的區間兩者的車資後，收取差額。
  惟，以下的狀況係以全區間比較變更前和變更後的車資，收取差額。
  (1)若以單程的營運里程在100公里以內的普通乘車券，變更目的地時
  (2)以僅使用於大城市近郊區間內的普通乘車券，變更為相同大城市近郊區間內的車站時
• 指定券、自由座席特急券、特定特急券、急行券、自由座席綠色車廂券僅限變更1次。此時，則比較變更前和變更後的費用，收取差額。

錯過指定列車時

• 指定座席特急券、綠色車廂券、臥舖券、指定座席券（包含特惠車票）若超過所指定列車的發車時刻，則為無效票，無法退款。
• 指定座席特急券在錯過列車時，若與指定列車的乘車日同一天之內時，可限改搭普通列車的自由座席。並且，若搭乘的是指定座席時，則須支付全額的指定座席特急費用。

• 車票的退款係於車站或主要旅行社的窗口辦理，不過，團體乘車券和部分特惠車票，請向購買窗口提出申請。

開始使用前

• 支付如下表的手續費，辦理退款。

• 退款列車的出發日或其前一天變更過的指定券（除站席特急券之外）時，須支付30%手續費。
• 〔HITACHI〕〔TOKIWA〕〔成田特快〕〔Swallow AKAGI〕〔Azusa〕〔Kaiji〕〔富士回遊〕〔Hachioji〕〔Ome〕 的未指定座位券則不根據上表，於開始使用前至票券面所示之乘車日為止，手續費為340日圓。
• 特急券與綠色車廂券、特急券與臥舖券、急行券與指定座席券等，合在1張發行的指定券之退款手續費，僅收取綠色車廂券、臥舖券、指定座席券的部分。
• 搭乘直通東北新幹線（東京~福島間）和〔TSUBASA〕（福島~新庄間）、東北新幹線(東京~盛岡間)〔KOMACHI〕（盛岡~秋田間）或上越新幹線和越後湯澤·GARA湯澤間時（包含全都不出檢票口，當日內轉乘時），退款合在1張發行的特急券時，新幹線的特急券和在來線的特急券合計為1張票計算手續費。
• 以信用卡所購買之車票，其退款於申辦地點、内容、方法等均有限制。退款之際，請持購買當時所使用的信用卡辦理。

開始使用後

• 普通乘車券於有效期限內，僅限其未搭乘區間的營業里程每張券單程超過100公里時方可退款，退款額係自發售金額中扣除已經搭乘區間的普通車資與手續費220日元後的餘額。
• 不再需要之回數乘車券的未使用票券，僅限於有效期限內退款。此時的退款額係從發售金額扣除已經使用之張數部分的普通車資與手續費220日圓後的餘額。惟，有時也有無退款額的狀況。

退款額=回數乘車券發售金額-（已使用的張數×普通車資）-手續費220日圓

• 回數券類型的特惠車票（新幹線回數券等）其部分票券使用後的剩餘票券無法退款。