有關因事故等所致列車無法行駛時，或列車誤點時，僅限依照JR的運送條款之乘客營業規則中所規定的條件以及內容處理，無其他處理方式。旅客營業規則所規定之主要處理方式如下所示。
列車無法行駛時
購票之前
中止發售於列車無法行駛區間出發或到達，以及通過該區間的車票。但，若以巴士等其他的方法接駁，或經其他路徑繞行時，則視同此區間為開通狀態，有時可能發售車票。
已經持有車票時
如果停止旅行，則全額退還車資及費用。若是旅行中途停止，則退還尚未搭乘之區間的車資。在此狀況下，全額退還停止行駛之列車的特急、急行費用等。
- 如果乘車中的特急列車到目的地前的中途車站即停止行駛時，可以搭乘後續的特急、急行列車（停止行駛的列車為急行列車時為急行列車）。在此狀況下，則全額退還停止行駛的列車之特急、急行費用。惟，若停駛的是品川~東京間（包括東海道新幹線）以及東北、上越、北陸新幹線的大宮~上野·東京間或僅上野~東京間停止行駛時，則僅退還特急、急行費用的差額。 臥舖費用僅限使用開始之後到早上6點為止的時段內，部分區間或全部區間無法使用時，則全額退還。
- 除此以外，可以免費回到出發車站。在此狀況下，除了已經持乘車券中途下車的情況外，全額退還車資及費用。
- 有關定期券、回數券，僅限5天以上連續停運時，可延長有效期限或退款。
- 有關特惠車票，根據各種商品，其退款等的處理不盡相同，請洽詢承辦人員。
列車誤點時
- 特急、急行列車若比原定到達時刻誤點2小時以上時，全額退還特急、急行費用。
- 由於列車等的誤點，致無法銜接上轉乘之列車等，且較原定到達時刻誤點2小時以上時，中途中止旅行或回到出發車站時的處理，比照列車無法行駛的狀況。
- 有關特急、急行列車可以使用的特惠車票，根據商品之不同，退款的處理亦不盡相同，故請洽詢承辦人員。